Mehmet Şerafettin, 5 Ekim 1879 günü İstanbul Koca Mustafa semtinde dünyaya gözlerini açtı. Babası yıllarca Cerrahpaşa Camiinde imam hatiplik yapmış Hafız Mehmet Arif Bey, annesi  Atiyye Hanım idi. Kallıoğulları lakabıyla tanınan sülalesi, ticari sebeplerden dolayı Niğde’nin Sineson Nahiyesinden gelerek İstanbul’a yerleşti. Çocukluğunu Ahmet Kemalettin ve Ayşe Keşfiye isimli iki kardeşi ile birlikte büyüyerek geçirdi. Türk musiki tarihinde önemli bir yer edinen büyük kardeşi Ahmet Kemalettin (1882-1939), davudi sesiyle İstanbul ve Rumeli’de tanındı.

Erken yaşlardan başlayarak hem klasik hem de modern kurumlarda eğitim gördü. Dokuz yaşında sıbyan mektebinde okurken hafız olmayı başardı. Öğrencilik yıllarında, Kur’an-ı Kerim hocasının verdiği Mehmet adını dil devriminden sonra pek kullanmadı. Tanınmış âlimlerden Manastırlı İsmail Hakkı Efendi (1846-1912) ve İsmail Saib Sencer’den (1873-1940) dersler aldı. Odabaşı Firuzağa İlkokulu, Davut Paşa Rüştiyesi ve Darülmualliminde okudu. Bu sayede kelâm, tasavvuf, tarih, edebiyat, folklor ve tıp tarihi gibi birbirinden farklı alanlarda uzmanlaştı. Müderris olmayı çok istese de ilk olarak 1906-1908 yılları arasında Harbiye Nezaretinde kâtiplik yaptı. Buradan ayrılıp öğretmenliğe adım atınca, kısa sürede saygın bir eğitimci olarak anılmaya başlandı.

İstanbul’da Darü’l-İlm Ve’t-talim özel okulu, Bandırma’da Numune Mektebi Rüştiyesi ve Gelibolu Sultanisinde çeşitli derslere girdi. Çanakkale Savaşlarında, cephe gerisinde fiilen mücadele ederek gençleri orduya katılmaları için yönlendirdi. Beyazıt Camii dersiamlığına yükselerek müderrislik hedefine ulaştı. Aynı dönemde medreseleri revize etmek için yürürlüğe konan kapsamlı projede görev aldı. Cumhuriyet’e yakın evrede çalışmaya başladığı Vefa Lisesinde Arapça ve Farsça dersleri verdi. Düzenli aile yaşamı sayesinde ağır sorumluluk isteyen işlerin altından kalmayı başardı. Vefat eden ilk eşi Ayşe Sıdıka Hanım’dan deniz albayı Mehmet Arif Yaltkaya ile Fatma Selma Uluç, Naide Hanım’dan da nöroloji Profesörü Korkut Yaltkaya (1938-2001) dünyaya geldiler.

Millî Mücadele yıllarında vatanseverlerin tek tek tutuklandığı İstanbul’da yaşıyor olmasına rağmen savunduğu değerlerden taviz vermedi. Yeniden var oluş kavgasının ortaya konduğu bu hassas süreçte ulusal direnişe arka çıkan Dergâh, Mahfil ve Mihrap dergilerinde yazılar yazdı. Türk ordusu Kütahya-Eskişehir Muharebeleri’nde bozguna uğrayınca, “Tarih-i milliyemizin son safhalarındaki mağlubiyetlerin zayıf ruhlarda hissiyat-ı diniyeye olan su-i tesiratı cümlenin malumudur” sözleriyle başlayan manifesto niteliğinde kısa bir makale yayımladı. “İnnallahi Meana (Şüphesiz Allah Bizimle)” başlıklı yazısı aracılığıyla tüm ülkede var olan karamsar havayı dağıtmaya çalıştı. Ümitsizliğin işgalci düşman kuvvetleri kadar tehlikeli olduğunu belirtti. Onun moral birliği sağlamaya yönelik yazısının üzerinden fazla zaman geçmeden Türk birlikleri toparlandı. Mustafa Kemal Paşanın önderliğinde iki büyük zafer kazanıldı.

Lozan Barış Antlaşması’ndan (24.7.1923) sonra ise, Cumhuriyet kadroları “modern Türk ulusunun inşaası” için harekete geçtiler. Sosyokültürel devrimlerin temeli sayılan Tevhid-i Tedrisat Yasası (3.3.1924) ile din eğitimi tamamen devlet tekeline bırakıldı. Bu kapsamda, yeniden eğitim öğretime başlayan Darülfünun bünyesinde bir İlahiyat Fakültesi kuruldu. 1925-1933 yılları arasında açık kalan fakültede aralıksız sekiz yıl görev yaptı. Öğretim üyeliği sırasında Laleli Kütüphanesinin bulunduğu sokakta ikamet ederek kendini bilime adadı. Aynı dönemde Darülfünun İlahiyat Fakültesi Mecmuasının çıkartılmasında öncü rol üstlendi. Yaşamı boyunca 200’ün üzerinde telif eser, tercüme kitap ve makale yazıya döktü. Vefatından yıllar sonra dahi “Şark’ın büyük âlimi”, “yerli bir ilmi kişilik” ve “ilim şeceresi” gibi sıfatlarla anıldı.

Türk gençliğinin milli kültürünü ve pozitif bilimleri daha iyi öğrenebilmesini sağlamak düşüncesiyle 1930’larda üniversite reformunu hayata geçirildi. Bu bağlamda, devrimlere adapte olmadığı kanısına varılan Darülfünun kapatıldı. Okuldaki 151 müderristen içlerinde Onun da bulunduğu ancak 59 kişiye, 1 Ağustos 1933 günü kurulmuş İstanbul Üniversitesinde çalışma olanağı sunuldu. Reformdan önceki fizibilite çalışmaları göz önünde bulundurularak, Cumhuriyet’in ilk üniversitesinde İlahiyat Fakültesine yer verilmedi. Yeni dönemde İslam Tetkikleri Enstitü Müdürlüğü ve Edebiyat Fakültesinde istihdam edildi. Bilimsel açıdan en üretken olduğu bu evrede akademik işbirliğini son derece önemsedi.

Henry Corbin (1903-1978), İsmail Hakkı İzmirli (1869-1946), Hilmi Ziya Ülken (1901-1974), Kilisli Ahmet Rifat Bilge (1874-1953) ve Adnan Adıvar (1882-1955) ile koordineli çalışmalar yürüttü. Eserlerinin bir bölümü yurt dışında basıldı ve “Felsefe Yıllığı” ile “Türk Tıp Tarihi Arkivi” dergilerinin editörlüğünü yaptı. Kültür tarihine yönelik özgün yazıları aracılığıyla Türkiyat Enstitüsü ve dergisinin gelişiminde aktif rol oynadı. Kilisli Ahmet Rifat Bilge ile birlikte Kâtip Çelebi’nin (1609-1657) Keşfü’z Zünun adlı eserini tashih ederek tekrar bilim dünyasına kazandırdı. Siyer uzmanı Mustafa Asım Köksal’ın (1913-1998) ifade ettiği gibi bu titiz çalışma sayesinde bilimsel şöhreti Türkiye sınırlarını aştı:

“M. Şerafeddin’in Türk tefekkür âlemindeki değerini Türkiye sınırları haricine çıkaran hadise, meşhur Türk âlimi Katib Çelebi’nin Bibliyografyası’nın yeni tab’ı izhar hususunda sarf ettiği himmet ve faaliyette görülüyor”.

Cumhuriyet’in temel kurumlarından biri sayılan Diyanet İşleri Başkanlığında, 1938 yılı içinde “ikinci adam” konumuna yükseldi. Kurumun ilk başkanı M. Rifat Börekçi’nin (1860-1941) muavinliğine getirildikten kısa bir süre sonra Dolmabahçe Sarayı’nda, 19 Kasım 1938 günü saat sekiz sularında Atatürk’ün cenaze namazını kıldırdı. Türk milleti, büyük minnet duyduğu Atatürk’e karşı son kutsal vazifesini Onun nezareti altında gerçekleştirdi. İslam tarihinde eşine rastlanmayan bir seremoni ile eda edilen “namaz” Diyanet İşleri Başkanlığında en üst konuma çıkartılmasının kapısını araladı. Börekçi’nin vefatından sonra Milli Eğitim Bakanı Hasan Ali Yücel’in (1897-1961) önerisi, Cumhurbaşkanı İsmet İnönü (1884-1973) ve Başbakan Refik Saydam’ın (1881-1942) onayı ile Başkanlığa atandı.

Görev yılları (1942-1947) II. Dünya Savaşı’nın (1939-1945) en buhranlı anlarına rastlamasına karşın din hizmetlerinin aksamaması için yoğun çaba harcadı. Cumhuriyet kadroları ile uyum içinde çalışmasıyla tanındı. Diyanet İşleri Başkanlığına tayininden bir kaç gün sonra Başvekâlete yolladığı layihada, ülkede din adamı eksikliğinin boyutlarını göz önüne serdi. Fransız tipi laiklik uygulamaları ve ekonomik zorluklar sonucu dinsel sahada oluşan boşluğun, geniş kitleleri sarsan kapsamlı bir soruna dönüştüğünü dile getirdi:

“Bugün birçok kasaba ve köylerde ezan okuyacak namaz kıldıracak, ölüleri yıkayacak, Cuma hutbelerini okuyacak imam hatip ve hatta müezzin bile bulunmamaktadır. Umumiyetle şehir, köy, kasaba ahalisinin zaman zaman şuraya buraya başvurmakta oldukları ve bu yolda ne yapılması lazım gerektiği hakkında mahalli hatta mıntıkaları haricindeki yerlerin müftülüklerine müracaat ettikleri ve bazı mahallerde ise köylerin hiçbirinde imam ve hatip gibi dini vazife sahipleri bulunmadığından cenazelerin ekseriyetle yıkanmadan gömülmekte oldukları ve bu esefli halin, halkın vicdanları üzerinde ızdıraplar hâsıl ettiği sık sık vuku bulan müracaatlardan anlaşılmaktadır”.

Layihada, ibadetlerin usulünce yerine getirilememesinin toplumda sebebiyet verdiği huzursuzluk doğrudan gün yüzüne çıkartıldı. İlaveten devlet merkezli bazı çözüm önerileri gündeme getirildi. DİB’e imam hatip okulları, Kur’an ve hafızlık kursları açma yetkisinin tanınmasının lüzumuna dikkat çekildi:

“… ve halen müstahdem bulunan dini vazife erbabının tekemmül ve terakkisi için de ayrıca imam hatip ve Hafız kursları açılması ve bu yolda Diyanet İşleri Reisliğine selahiyet verilmesi hakkındadır”.

Başkanlığı süresince kurumun dışa kapalı görüntüsünü ortadan kaldırmak amacıyla bir neşriyat bürosu kurdurdu. Müderrislik yıllarından itibaren hazırladığı dini nasihatlerinin bazılarını “Va’azlar” adlı bir eserde topladı. Çok geçmeden yalın bir dille yazılmış ikinci Türkçe hutbe kitabı basıldı. Her iki kitap, ülkenin dört bir yanında görev yapmakta olan imam hatiplere ulaştırıldı. Böylece Tek Parti döneminde, dini alanın yeniden tanziminde en önemli öğelerin başında gelen Türkçe hutbe uygulaması iyiden iyiye kök saldı. Onun talimatıyla, yerli malı kullanmayı teşvik eden konuşmalarla milli ekonomi ülküsü yolunda ibadethanelerden üs olarak faydalanıldı. Camilerde cemaate kız çocuklarını küçük düşürücü davranışlar yapılmaması gerektiği tembih edildi. Okul inşa ettirmenin hayır kurumu açmak kadar makbul olduğuna değinildi.

İkinci Dünya Savaşı’nın ardından oluşan barış atmosferinde tarihi öneme sahip camilerin restorasyonuna rehberlik etmiş, 23 Nisan 1947 günü gırtlak kanserine yenik düşerek ebediyete intikal etti. Ertesi gün Saraçoğlu Mahallesindeki evinden alınan naaşı, Hacı Bayram Veli Camiinde kılınan namazın ardından Ankara Cebeci Asri Mezarlığına defnedildi. Vasiyeti üzerine nadide eserlerin bulunduğu zengin kütüphanesi, Ankara Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesine verildi.

68 yıllık ömründe Meşrutiyet’ten Cumhuriyet’e uzanan Türk tarihinin en kırılgan anlarına tanıklık etti. Yeniliklere açık zihin yapısı ve geniş kitleler üzerinde bıraktığı tesirlerle her zaman gündemde oldu. Modernleşme tarihinde çeşitli ilklere imza atarak özellikle toplumsal ve kültürel dönüşüme ivme kazandıran aydınların başında geldi. Çoğu düşünürün seslendirmeyi dahi aklından geçirmediği hassas konuların üstüne elinden hiç düşürmediği kalemiyle gitti. İlk “Türkçe Kur’an-ı Kerim Tarihi” ni kaleme aldı ki, esasen bu eser dini sahanın çağa uyarlanmasında anahtar görevi gördü.

Hiçbir zaman siyasete girmese de hürriyetin ilanından sonra anayasal düzeni ve çok partili demokratik sistemi savundu. Halifeliğin gelecekte şahıs merkezli değil, kapsamlı bir örgüt nazarında temsil edilmesi gerektiğine dair çarpıcı bir teori ortaya attı. Kadınları toplumun temeli olarak gördü ve onlara kamuda daha fazla alan açılmasından yana tutum takındı. Erkeklerle kadınlar arasındaki tek farkın fiziksel güçten kaynaklandığını belirtti. İslam tarihinde Hz. Aişe’nin (ölümü 678) yaşamından hareketle, kadınlara siyasal haklar tanınmasının dinin doğasında bulunduğunu ileri sürdü. Modernist düşüncelere sahip bir din adamı olarak kurduğu iletişim sayesinde mütedeyyin çevreleri fikir planında Atatürk devrimlerine hazırladı.

Eğitim alanında gerçekleştirilen büyük devrimleri ve dinsel sahadaki reformları tarihten uyarladığı referanslarla destekledi. “İmanlı akılcılık” prensibi doğrultusunda yenileşme hareketlerinin İslam dini ile çelişmediğini açıklamak için uğraştı. Medrese kökenli olup Kadiri tarikatına mensup bir aileden geldiği halde şeyhlik, dervişlik ve tekkelerin işlevini yitirdiğini beyan eden makaleler yayımladı. Terminolojik açıdan tarikat kavramını alışıla gelmişten farklı bir şekilde tarif etti. Tasavvufu, bir milletin uygarlık yolunda ilerlemesini kolaylaştıracak ögeler topluluğu diye tanımladı. Dinamik yaşamdan kopuk tekke İslam’ına karşı çıkarak, toplumsal çözümlemeler içeren sosyolojik Müslümanlığa onay verdi.

Türk modernleşmesinde II. Mahmut’tan (1808-1839) itibaren üzerinde durulan en temel konulardan biri kılık kıyafet düzenlemeleriydi. Toplumun görüntüsü baştan aşağı değişirken hem erkek hem de kadın giysilerinde alafranga kültürü kendini fazlasıyla hissettirdi. Giysi meselesinde yol gösterici ve çağa uygun tespitleriyle itidal çağrısında bulundu. İslam’ın kıyafette israfı kesin bir dille yasakladığını söyledi. Müslüman kadınların giyim kuşamda hijyene ve umuma uygunluk ilkelerine bağlı kalmalarını önerdi. Tesettür konusunda kesin sınırlar çizmemeye büyük özen gösterdi. “Şapka İktisası Hakkında Kanun”a (25 Kasım 1925) sahip çıktı. Ancak Kanunun uygulanması sanılanın aksine hiç de kolay olmadı. Anadolu’nun birçok yerinde olduğu gibi İstanbul’un bazı semtlerinde dahi şapka karşıtı gösterilere rastlandı. Darülfünun İlahiyat Fakültesi dergisinde şapkaya cevaz veren bir makalesi yayımlandı. Burada Abbasiler döneminde Menkübers (ölümü 1254) isimli bir din büyüğünün yaşamından kesitler aktarılarak, sarık yerine şapka giyilmesinde dinen hiçbir sakınca olmadığı anlatıldı:

“Menkübers bin yalın kılınç (kısa adıyla Bekbers) usul ve fıkıha vakıf eyi bir fakih olmakla beraber başına sarık sarmaz idi. Sırtına asker elbisesi giyer ve başına askere mahsus olan serpuşu koyar idi. Bağdat Halifesi başına sarık sarmak şartıyla kendisine Bağdat kadıyulkuzatlığı (baş kadılık) teklif etmiş ise de giymekte olduğu asker elbisesini sırtından çıkarmamak ve başına sarık sarmamak için bu yüksek rütbeyi kabul etmemiş idi. Menkübers vefatından sonra da Ebu Hanife’nin yanına defnolunmuştur”.

Din adamları arasında son derece önemli bir misyon üstlendi. Kemalizm’in milli logolarından dil devrimi aracılığıyla Türkçe’nin yüz yıllardır ihmal edilmiş zenginliğinin yeniden anlaşıldığını savundu. Türk dilinde başta Arapça ve Farsça olmak üzere diğer dillerin sebebiyet verdiği duraksama sürecinin yeni düzenlemelerle aşıldığını iddia etti. Kültür alanındaki çağdaş organizasyonların arka planını çok iyi okuyarak İbni Sina (ölümü 1037), Harezmî (780-850), Biruni (ölümü 1061) ve Hz. Mevlana (1207-1273) gibi düşünürleri Türk gençliğine yeniden tanıttı. Tarihsel sosyolojinin önde gelen temsilcilerinden biri olarak, Türklüğü unutulmuş şahsiyetler hakkında kapsamlı araştırmalarda bulundu. İslam öncesinden Osmanlılara kadar uzanan Türk tarihinin, her aşamasıyla objektif ve şuurlu bir bağ kurulması için büyük uğraş verdi. Atatürk’ün tarih tezinin bilimsel zemine oturtulması çabalarına makale ve tebliğleriyle yardım etti.

Onu Türk devriminin bir parçası haline getiren en önemli gelişme, ana dilde ibadet hakkındaki fikirleri oldu. Devrimlerin lideri Atatürk’ün modern Türk ulusunun inşası bağlamında tasarladığı projelerin başında din dilinin anlaşılır hale getirilmesi geliyordu. Doğal olarak bu hassas meselede, modern bir bakış açısıyla İslamı yorumlayan din görevlilerine danışıldı. Türkçe ibadete dair yasal adımların atıldığı 1930’lu yıllarda, merkezde görev aldı. Kemalizmin ideologlarından Hikmet Bayur’un (1891-1980) ricası üzerine İsmail Hakkı İzmirli (1869-1946) ile birlikte 1934’te ortak bir çalışma yaptılar. Bu çalışma, mevcut koşullar gereği müelliflerinin vefatlarından sonra ancak 1958’de yayımlandı. Türkçe ibadet ile siyasal rejimin birbiriyle ilişkilendirildiği bir ortamda O ve İzmirli, İslâm’da yüsr (kolaylık) prensibine dikkat çektiler. Müslümanlıkta tek bir dille ibadet mecburiyetinin bulunmadığını iddia ettiler. Anlam kayması yaşanmamak ön koşuluyla Arapçaya aşina oluncaya kadar, başka bir dille ibadetin meşru görülmesi gerektiğini söylediler:

“Namazın başlangıcında dahi İmam Ebu Hanife’ye göre Arapçadan başka her hangi bir dille Allah zikredilerek mesela (Tanrı Uludur…) demek caiz olur. Çünkü A’lâ Suresinin 15. Ayetinde (Rabbinin adını anar anmaz namaza durdu) ayetiyle sabit olduğu vech üzere namazın başlangıcından maksut olan, Tanrı’nın anılmasıdır. Bunun ise hiçbir dile ihtisası yoktur”.

Ana dilde ibadetin en zayıf kalan halkası hiç kuşkusuz Türkçe namazdı. Atatürk’ten sonra Cumhurbaşkanlığı koltuğuna oturan İsmet İnönü, bu meselede Ondan önemli bir istekte bulundu. İnönü, Kur’an-ı Kerim ayetlerinin Türkçe karşılığı ile namaz kılınması için bir kitap yazmasını talep etti. Bunun üzerine, biraz da gönülsüz olarak 46 ayetin Türkçe karşılıklarından meydana gelen bir risale yazmaya başladı. İnönü’nün yetersiz bulduğu çalışma tamamlanmadan rafa kaldırıldı.

Aslında eski müderris Şerafettin, çoğu vakit devrim gerçeği ile kişisel itikadı arasında gelgitler yaşadı. Ana dilde ibadete dair her zaman çekinceler besledi. Olayların birebir tanığı olan M. Asım Köksal, şifahi hatıratında ana dilde ibadet konusuna yaklaşımı hakkında kolay kolay hiçbir yerde rastlanmayacak anekdotlar paylaştı. Köksal, Türk gençliğinin ana dilde dahi olsa Kur’an-ı Kerim’i unutmaması için Onun bu konuya müdahil olduğunu aktardı:

“Konuyla fetvaya dair bir gün yaptığımız bir sohbette, kendisinin Kur’an tercümesiyle namaz kılmadığını, şahsi bakımdan Türkçe ibadete kail olmadığını, bu fetvayı veriş sebebinin ileride, nesillerin Kur’an’ı unutmamalarını ve tercümesi ile olsun onunla alakalarının devamlılığını sağlamak olduğunu ifade etmiştir”.